生物洁净室是以控制室内有生命微生物为主要目标的洁净室。洁净室内有时存在一些无生命的微粒对洁净室的性能没有很大的影响，例如，存在一些灰尘或被杀死的细菌。生物洁净室除了对空气进行过滤净化外，还要设置消毒灭菌设施。

生物洁净室主要应用在以下各个领域：